Latin America today is one of the centers of the global health crisis caused by COVID-19, and Brazil is considered the epicenter of the pandemic in Latin America. As of July, 1,545,458 cases and 63,295 deaths have been reported. Despite the large number of cases, only 15,668 tests for COVID- 19 have been performed per million inhabitants (https://www.worldometers.info/coronavirus/). The small number of tests applied in Brazil may indicate under-reporting, so these already high numbers of cases and deaths may actually be even higher.
Laboratory testing is an integral part of the “Strategic Plan for Preparedness and Response” of the World Health Organization (WHO). However, WHO emphasizes that good laboratory practices are essential particularly in situations where new tests are rapidly deployed under emergency conditions. WHO laboratory testing strategy recommendations for COVID -19 are available: https://www.who.int/publications/i/item/laboratory-testing-strategy-recommendations-for-covid-19-interim-guidance.
The current gold standard for the detection of COVID-19 is real-time PCR (RT-PCR). This technology is already widely used in forensic DNA analysis laboratories, making these laboratories well positioned to contribute to the COVID-19 testing needs of a country with only minimal change to the normal laboratory workflows.
The objective of the present study is to test the suitability of the DNAXpress LIMS for helping laboratories add a COVID-19 testing workflow to their normal forensic analysis workflows. DNAXpress is a LIMS designed to manage workflows for forensic DNA analysis from sample receipt through serology, extraction, quantitation, analysis, and reporting. DNAXpress manages reagents, kits and equipment inventories, provides QC/QA warnings, and facilitates manual observations and technical reviews.
In her presentation during the GCAITH workshop at ISHI 31, Roberta Fogliatto Mariot (Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia Forense (INCT Forense) in Brazil and NicheVision Forensics LLC) shared the results of a study which will document the specific workflow modifications required to add a COVID-19 workflow to a forensic DNA analysis laboratory and will specify how these modifications can be implemented in DNAXpress. The results of the study will provide lessons-learned and an implementation roadmap for laboratories needing to add COVID-19 testing capabilities. As there was not time for her to answer all the questions that came in during the conference, we’ve compiled those that weren’t answered below.
Can DNAxpress communicate with another LIMS like Forensic Advantage?
DNAXpress can communicate with all types of systems. It can transfer data using files (.cvs, .tab, .txt, etc), or transfer data through another company’s API (application programming interface). DNAXpress can also “share” database tables for data if the other system allows access.
Which company sells DNAXPress?
The company which sells the DNAXpress is Nichevision Forensic LLC (https://nichevision.com/?no_lredirect=true). The company develops and distributes innovative DNA analysis software for forensic laboratories worldwide, and it has commercial representatives in Brazil and in almost all Latin American counties.
What kinds of Quality checks are performed by the system?
The system is able to check for the presence and effective performance of positive, negative and internal controls. The system provides warnings for expired reagents and out of service instruments. The system also keeps a complete audit trail of all changes including when they were made and who made them.
Can information from the system be exported for further analysis?
All system information in the system can be exported in an Excel compatible format, such as .cvs, .txt, .tab, etc.
Are the DNAXpress and COVIDXpress able to be used with different chemistries?
The system is currently available for a variety of commercially solutions but can be adapted to almost any chemistry or workflow, including non-commercial kits.
What are the computer requirements for deploying the technology?
Any computer with Windows 10, 8, 7, Vista, X, or newer operating systems that can be networked. If a cloud-based system is used, you will likely want a high-speed connection and a newer operating system.
A América Latina hoje é um dos centros da crise sanitária mundial causada pelo COVID-19, e o Brasil é considerado o epicentro da pandemia na América Latina. Até a primeira semana de julho, o Brasil registrou oficialmente mais de 1.500.000 casos e 63.000 mortes. E apesar do grande número de casos, apenas 15.668 testes para COVID-19 por milhão de habitantes foram realizados (https://www.worldometers.info/coronavirus/). A pequena quantidade de testes aplicados no Brasil pode indicar subnotificação, portanto esses números já altos de casos e mortes podem na verdade ser ainda maiores.
A realização de testes laboratoriais são parte integrante do “Plano Estratégico de Preparação e Resposta” da Organização Mundial da Saúde (OMS). Entretanto, a OMS ressalta que as boas práticas laboratoriais são essenciais principalmente em situações em que novos testes são implementados rapidamente durante uma emergência. As recomendações da estratégia de testagem laboratorial para COVID-19 da OMS estão disponíveis no seguinte link: https://www.who.int/publications/i/item/laboratory-testing-strategy-recommendations-for-covid-19-interim-guidance.
O atual padrão ouro para a detecção de COVID-19 é o PCR em tempo real (RT-PCR). Esta tecnologia também é amplamente utilizada em laboratórios forenses de análise de DNA, tornando esses laboratórios aptos para contribuir com o aumento da capacidade de testagem de um país com apenas uma alteração mínima nos fluxos de trabalho normais do laboratório.
O objetivo do presente estudo é testar a adequação do LIMS DNAXpress para auxiliar na inclusão do diagnostico COVID-19 aos fluxos de trabalho de um laboratório de análise forense. O DNAXpress é um LIMS projetado para gerenciar todas as etapas de análise forense de DNA, desde o recebimento da amostra, sorologia, extração, quantificação, análise e até os relatórios finais. O DNAXpress faz o inventário dos reagentes, kits e equipamentos, fornece sinalizações de CQ/GQ, facilita a realização de observações manuais e também revisões técnicas.
Os resultados deste estudo irão documentar as modificações específicas do fluxograma de trabalho necessárias para adicionar o fluxo do teste COVID-19 em um laboratório de análise de DNA forense e especificar como essas modificações podem ser implementadas no DNAXpress. Os resultados do estudo pretendem ainda descrever como implementar o teste COVID-19 e todo o conjunto de instruções necessárias para sua implementação em um laboratório forense.
O DNAxpress pode se comunicar com outro LIMS como o Forensic Advantage?
O DNAXpress pode se comunicar com todos os tipos de sistemas. Ele pode transferir dados usando arquivos (.cvs, .tab, .txt, etc), ou transferir dados por meio de API (application programming interface) de outra empresa. O DNAXpress também pode “compartilhar” tabelas de banco de dados para dados se o outro sistema permitir o acesso.
Qual é a empresa que vende o DNAXPress?
A empresa que vende o DNAXpress é a Nichevision Forensic LLC (https://nichevision.com/?no_lredirect=true). A empresa desenvolve e distribui softwares inovadores de análise de DNA para laboratórios forenses em todo o mundo, e possui representantes comerciais no Brasil e em quase todos os países da América Latina.
Quais são os tipos de verificações de qualidade realizadas pelo LIMS durante o processamento de amostras?
É possível verificar a presença e o desempenho dos controles positivo, negativo e interno. O sistema fornece advertências para reagentes e kits vencidos e equipamentos e instrumentos com a calibração expirada. É possível também realizar uma auditoria completa da amostra, já que o seu fluxograma e todas as alterações incluindo quem e quando foram feitas fica registrado.
As informações dos sistemas podem ser exportadas para análises posteriores?
Todas as informações do sistema podem ser exportadas em formato compatível com o Excel, como por exemplo: .cvs, .txt, .tab, etc.
Os sistemas DNAXpress e o COVIDXpress podem ser usados com diferentes reagentes e kits?
Ambos os sistemas permitem atualmente a utilização de uma grande variedade de reagentes e kits disponíveis no mercado, mas podem ser facilmente adaptados para serem utilizados com qualquer fluxo de trabalho ou reagente e kit inclusive não-comerciais.
Quais são os requisitos do computador para que a tecnologia possa ser implementada?
Qualquer computador com Sistema operacional Windows 10, 8, 7, Vista, X, ou mais recente que possa ser conectado em rede. Se for utilizado um sistema baseado em nuvem, provavelmente desejará uma conexão de alta velocidade e um sistema operacional mais novo.
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